Otoku su vrlo rano ime dali grčki pomorci i trgovci koji su iz južnih kolonija, sa svojim proizvodima plovili u zemlju Ilira. Ime Ladesta tj. Ladeston ili Ladoston, Lastovo dobiva zbog sličnosti sa otokom Lado u Jonskom moru. Rimljani su otoku dali svoj latinski naziv – Augusta Insula – Carski otok. U srednjem vijeku ovo ime se pisalo kao Augusta, Lagusta, Lagosta. Slavenski sufiks-ovo u kombinaciji s rimskim oblik Lasta daje današnje ime otoka Lastova.

Prvi tragovi ljudskog života na otoku pronađeni su u spilji Rača, iz ranog brončanog doba. Slaveni i Neretljani naseljavaju ga u 7. i 8. stoljeću. Zbog stalnih napada na brodove mletačkog dužda Petra Orseola II, dužd osvaja otok i 998. godine potpuno razara naselje, pa preživjeli stanovnici odluče izgraditi grad između brežuljaka, udaljeno od obale, mjesto Lastovo, gdje žive sve do danas. Bizantski car Konstantin VII Porfirogenet, prvi spominje Lastovo sredinom 10. stoljeća. U 13. stoljeću Lastovo je dobrovoljno pristupilo Dubrovačkoj Republici, nakon što je Republika obećala da će se poštovati lastovska autonomija i tradicija. Odlučivanje o vlastitoj budućnosti Lastovo dokazuje statutom koji je usvojen 1310. godine.

Godine 1486. Lastovo djelomično gubi svoju samostalnost. Neprekidno ograničavanje otočne autonomije i veći porezi doveli su do pobune 1602. godine. Nakon bune Lastovo dolazi pod vlast Venecije, sve do 1606. godine kada je zbog dobre dubrovačke diplomacije vraćen Dubrovačkoj Republici. Sljedeći pokušaj pobune bio je 1652. godine što je rezultiralo potpunim gubitkom otočne autonomije.

Francuzi 1808. godine ukidaju Dubrovačku Republiku, a Lastovo postaje dijelom Francuskog carstva. Britanci preuzimaju otok 1813. godine i njihova vlast traje do 1815. godine, kada otok postaje dijelom Habsburške Monarhije. Austrija donosi napredak, grade se novi svjetionici, pravi se popis stanovništva, definira se imovinsko stanje. Sigurna administracija i porezna uprava označili su novo, bolje doba. Političke promjene u Europi, Prvi i Drugi svjetski rat, ostavili su Lastovo ovisno o volji privremenih vlasti. Talijanska okupacija Lastova trajala je od studenog 1918. godine do rujna 1943. godine. Godine 1945. Lastovo postaje dio Narodne Republike Jugoslavije, a 1952. Socijalističke Federativne Republike Jugoslavije. Republika Hrvatska je proglasila nezavisnost od Jugoslavije 1991. godine. Međutim, Narodna Vojska Jugoslavije nije htjela napustiti svoje vojne baze na Lastovu sve do srpnja 1992. godine. To je bio kraj bilo koje strane uprave nad Lastovom i nad Hrvatskom.