La présence humaine dans la région d'Ulcinj remonte à l'Age de Bronze, des tumuli ayant été découverts dans le village proche de Zogaj.

La ville fut fondée au ve siècle av. J.-C. par les Grecs et assiégée par les Illyriens, ce qui en fait une des plus anciennes villes de la côte Adriatique. Une colonie provenant de Colchide se serait installée ici, un poème d'Apollonios de Rhodes attestant de leur présence au iiie siècle av. J.-C.[réf. souhaitée]

En illyrien le nom de la ville était Ulkinon, où le radical Ulk signifie « loup ». En latin, la ville était connue sous le nom de Ulcinium ou Olcinium

Au Moyen Âge, un navire sarrasin fit naufrage sur la côte et les esclaves africains survivants furent accueillis par les locaux, qui les acceptèrent dans la ville.

La ville, d'abord sous domination byzantine, passe ensuite sous la suzeraineté serbe durant la dynastie Nemanjić.

En 1571 le corsaire Uludj Ali d'origine italienne et converti à l'Islam s'empara de la ville.

La ville est aussi connue pour avoir accueilli Sabbataï Tsevi (1629-1676), faux messie juif ; après sa conversion à l'Islam il y passa ses derniers jours et l'on peut voir sa tombe dans la vieille ville.

Ulcinj ne devint partie intégrante du Monténégro qu'en 1880 à la suite de la guerre russo-turque qui prit fin en 1870 et vit la victoire des Russes alliés aux Monténégrins face aux Turcs.

En 1998 lors de la guerre du Kosovo, des milliers de Kosovars albanophones affluèrent vers Ulcinj et ses environs, où ils furent accueillis par la population albanophone.

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